《九世天主》小说讲述了主人公神五从小在福利院长大的故事。福利院里住着一些老人，其中有一个被称为李疯子的老人，他总是疯疯癫癫地在福利院里乱画乱刻，但神五靠近他时，李疯子却会退缩。福利院发生过流行病和地震，但福利院却安然无恙。尽管福利院里的人都喜欢神五，但他觉得李疯子对他的感觉不同。当小县城要搬迁时，李疯子拒绝离开，神五说服院长去劝他。神五来到李疯子的房间，李疯子告诉他明天他们会一起走，但今天神五要在房间里睡觉。神五第一次听到李疯子说话，他的声音平和，但“爷爷”两个字有些不同。虽然神五不愿意在李疯子的房间里睡觉，因为墙上都是恐怖的字，但他还是帮李疯子盖上被子。在被子拉过李疯子肩头时，李疯子颤抖了一下。

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神五是一个弃婴，从小在A国西部一个偏僻小县城福利院长大，也是福利院里唯一一个孩子，福利院里住的多是一些上了年纪的老人，其中有一个被其他人叫做李疯子的老人，自神五有记忆开始李疯子总拿着鸡血一直在福利院里到处乱画、乱刻，任何人阻止他就会被打拳打脚踢，但是每次神五只要一靠近他，李疯子就会低头后退。说也奇怪神五所在这个县城曾发生过的流行病、地震，但是福利院却安然无恙。李疯子平时疯疯癫癫，可是只要政府发放的福利，李疯子总是把他那份留给神五，神五很感动，虽然福利院里的爷爷、奶奶都很喜欢神五，可是神五总觉得李疯子给他的感觉不一样。

　　直到神五八岁那年，铁路建设需要征用土地，小县城要全部搬迁，所有的人都开始有秩序的搬离，只有李疯子无论别人怎麽劝，死活也不走。福利院的人都走了，院长原本要带着神五一起走，可是李疯子不走，神五说服了院长，要再劝劝李疯子和他一起走。

　　神五来到李疯子的房间刚要开口，李疯子却出声道：“小五，不用说了。明天吧，明天爷爷和你一起走，但是今天你哪也不要去了，就在这个房间里睡。”

　　神五第一次听见李疯子说话，那声音中正平和，但是“爷爷”两字好像有些不同，神五还想说点什么，李疯子却倒头就睡，看上去不想理他。神五只有八岁，但身为孤儿的他，从小除了福利院的人，其他的人看他的都带着各种不同的目光，有的目光带着同情、有的冷漠、有的甚至是鄙视，对待这些神五学会了忍耐，学会了讨好别人，所以李疯子既然不想和他说话，他也不敢出声了。

　　神五是极不愿意在李疯子房间睡的，因为李疯子房间四周的墙壁全部都是血色的歪七扭八、奇形怪状的字，密密麻麻的非常恐怖。李疯子是唯一一个没有室友的老人，他的房间里的另外一张床是空着的，但床上的被褥非常整洁，与周围的环境反差很大。神五走到李疯子床前，轻轻帮他盖上被子，当被子拉过李疯子肩头的一刹那，李疯子颤抖了一下，神五赶紧转身上了隔壁的床不再挪动。

　　夜深了李疯子坐起身，他抬起头看着天花板，念叨了一句：“该来的还是来了。”

　　这天晚上风雨交加、电闪雷鸣，要知道现在刚刚出了正月，在这个年平均降水量不超过100毫米县城来说，春雨简直就是上天的恩赐，但是这天的雨似乎不太一样，因为福利院莫名其妙的遭到了雷击，神五第二天醒来的时候呈现在他眼前的是一片废墟和这一辈子都忘不了的场景......